Najczęściej zalecanym sposobem odchudzenia bazy danych a co za tym idzie usunięciem ewentualnych uszkodzeń bazy jest wykonanie kopii archiwalnej bazy i od razu przywrócenie bazy z kopii. Czasami plik bazy danych znacząco się zmniejsza po tej operacji. 

Dodatkowo są jeszcze w programie opracowane 2 rodzaje odchudzania:

1. Odchudzanie bazy komunikatów:
W wersji 8.31 dodano opcję: Narzędzia->Konserwacja bazy->”Odchudzanie bazy komunikatów” służącą do usuwania niepotrzebnych komunikatów z bazy danych.
Program nie usuwa nigdy IE599, PODlink, POD, PZClink, PZC. Odchudzanie można wykonać tylko gdy wykonano w tym dniu archiwizację. Użytkownik wybiera okres za jaki chce przeprowadzić odchudzanie oraz jaki rodzaj komunikatów ma być usunięty. Tylko użytkownik posiadający uprawnienia „Funkcje specjalne” może wykonywać odchudzanie. Po wybraniu opcji powinno się pojawić okno o następującej treści.
„Odchudzanie bazy danych usuwa niepotrzebne wpisy w bazie danych, które mogą spowalniać pracę programu. Przed uruchomieniem odchudzania KONIECZNE jest stworzenie kopii zapasowej bazy danych i przechowanie jej na wypadek ewentualnej kontroli celnej! Wybierz sposób odchudzania bazy komunikatów:
1. usuń komunikaty starsze niż:
1 września 2011 (pierwszy dzień poprzedniego miesiąca), 1 stycznia 2011 (początek roku), wskazana data
2. usuń komunikaty:
a) wysłane do systemów celnych Celina, ECS, ICS, NCTS, OSOZ, EMCS
b) pozostałe odebrane, takie jak CLNE (Celina), IE529 (ECS), IE329 (ICS), IE29 (NCTS), QuestionResult
(OSOZ)
c) wszystkie techniczne (PWK1, PWK2, informacje z interfejsów niewizualnych Celina/ICS/ECS)”
2. Odchudzanie całej bazy:
W wersji 9.06 dodano mechanizm „odchudzania” bazy danych w trybie funkcji specjalnych, czyli usuwania danych starszych niż zadana data. Mechanizm dostępny jest w menu „Narzędzia->Konserwacja bazy->”Odchudzanie” całej bazy”. Uwaga! Przed wykonaniem operacji usuwania danych, rekomendujemy wykonanie kopii bezpieczeństwa bazy danych! Utworzenie kopii bazy i jej przechowywanie jest konieczne ze względu na to, że jest obowiązek przechowywania niektórych dokumentów przez 5 lat. Na wypadek kontroli należy więc kopię bazy koniecznie zachować. Domyślny proponowany okres odchudzania to 6 lat wcześniej.
Tylko użytkownik posiadający uprawnienia „Funkcje specjalne” może wykonywać odchudzanie. Usuwane są dokumenty: SAD, faktury luzem, wpisy w rejestrze, DSK, PWD, PDS, WDS, komunikaty w module email (te któtych nie usuwa opcja opisana powyżej)